Os recursos financeiros do FGD provêm, essencialmente, das contribuições inicias e periódicas cobradas aos seus participantes, bem como dos rendimentos da aplicação de recursos e do produto das coimas aplicadas pelo Banco de Portugal às instituições de crédito.

A 31 de dezembro de 2024, os recursos próprios do Fundo totalizavam 1787,4 milhões de euros, dos quais 96,1 milhões de euros representados por compromissos irrevogáveis de pagamento contratualmente assumidos pelas instituições de crédito participantes e garantidos por penhor financeiro a favor do FGD sobre títulos de dívida pública.

O FGD aplica os seus recursos em operações financeiras de baixo risco e de forma suficientemente diversificada, mediante plano de aplicações acordado com o Banco de Portugal.

Se os recursos financeiros do FGD se mostrarem insuficientes para o cumprimento das suas obrigações (nomeadamente, caso o valor a pagar pelo FGD para o reembolso de depósitos de uma ou várias instituições de crédito suas participantes seja superior ao montante de recursos financeiros disponíveis), poderá o FGD cobrar contribuições especiais às instituições participantes ou contrair empréstimos, designadamente junto de outros sistemas de garantia de depósitos, do Banco de Portugal ou do Estado.